三个月宝宝睡觉摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育成熟，会出现摇头的现象，这是一种正常的生理反应。随着宝宝的成长，这种现象会逐渐消失。
2.皮肤瘙痒：如果宝宝头部出汗较多，或者患有湿疹、痱子等皮肤疾病，会导致头部瘙痒，从而引起摇头。家长可以检查宝宝的头部是否有皮疹、红肿等异常情况，并及时清洁宝宝的头部，保持皮肤干爽。
3.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病的早期表现之一就是多汗，宝宝会出现摇头、烦躁、睡眠不安等症状。家长可以带宝宝去医院检查维生素D水平，如果确诊为维生素D缺乏性佝偻病，需要及时补充维生素D和钙剂。
4.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，从而导致摇头。家长可以观察宝宝的耳部是否有红肿、分泌物等异常情况，并及时带宝宝去医院就诊。
5.其他原因：宝宝睡觉环境过热、过冷，或者睡觉时周围环境嘈杂，也可能导致宝宝摇头。家长可以调整宝宝的睡眠环境，保持适宜的温度和安静。
总之，如果宝宝睡觉摇头的情况持续时间较长，或者伴有其他异常症状，家长应该及时带宝宝去医院就诊，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，家长在日常生活中要注意观察宝宝的情况，及时发现问题并解决。