子宫纵隔主要是由于胚胎发育时期，双侧副中肾管融合过程中出现异常所致。
遗传因素影响
遗传基因的缺陷可能干扰子宫的正常发育，使得双侧副中肾管融合出现偏差，从而形成子宫纵隔。例如某些特定基因的突变可能增加子宫纵隔发生的风险，这种遗传因素在有家族史的人群中可能更为明显，家族中有子宫纵隔患者的女性，其自身患病概率相对较高。
胚胎发育阶段的干扰
在胚胎发育的关键时期，如受到外界不良因素影响，像孕妇接触了某些致畸物质、受到辐射等，可能会阻碍双侧副中肾管的正常融合，进而导致子宫纵隔的形成。这些外界不良因素会干扰胚胎正常的发育进程，破坏子宫正常的构造形成。
内分泌调节异常
女性体内内分泌激素水平的异常也可能与子宫纵隔的形成相关。例如雌激素、孕激素等激素分泌失衡，会影响子宫的发育过程，使得双侧副中肾管融合出现障碍，最终引发子宫纵隔。内分泌调节的异常可能受到多种因素影响，如疾病、生活不规律等。
其他因素综合作用
一些不明原因的综合因素也可能参与子宫纵隔的形成。包括孕妇自身的身体状况、生活环境等多种因素的复杂交互，最终导致子宫在发育过程中出现纵隔结构。比如长期处于压力较大的生活状态，可能通过影响内分泌等途径，间接对子宫发育产生不利影响，增加子宫纵隔的发生几率。