子宫纵隔主要是胚胎发育过程中，双侧副中肾管融合时出现异常所致，是一种先天性子宫发育异常。
遗传因素影响
遗传基因可能会对子宫的正常发育产生作用，使得副中肾管融合过程出现偏差，从而导致子宫纵隔的形成。一些特定的基因变异可能增加子宫纵隔发生的风险，在有家族遗传倾向的人群中，子宫纵隔的发生率相对可能更高。
胚胎发育早期干扰
在胚胎发育的关键时期，如受到某些外界因素干扰，可能影响副中肾管的正常融合。例如，母体在妊娠早期接触某些有害物质、感染特定病毒等，都可能干扰胚胎正常发育，进而导致子宫纵隔的出现。
内分泌调节异常
内分泌环境对子宫发育至关重要，若在胚胎发育阶段内分泌调节出现异常，比如雌激素、孕激素等激素水平失衡，会影响子宫副中肾管的融合过程，增加子宫纵隔发生的可能性。例如，雌激素水平异常可能导致副中肾管融合障碍。
其他因素影响
孕妇的年龄也是一个相关因素，高龄孕妇发生子宫纵隔的概率可能相对有所不同。另外，不良的生活方式，如过度吸烟、酗酒等，也可能在一定程度上影响胚胎发育，增加子宫纵隔的发生风险，但这方面的具体机制还需进一步深入研究明确。