灰指甲治疗最好办法需综合考虑，一般外用药物结合口服药物是常见方式。比如外用阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用有一定效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲及周围皮肤，每周使用1 - 2次，一般需要连续使用数月。环吡酮胺乳膏： 可改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程。直接涂抹在病甲处，一天使用1 - 2次，对于较轻的灰指甲有一定疗效，但要注意坚持使用。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种合成的三氮唑类抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶，影响真菌麦角固醇的合成，达到抗菌效果。采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过，使用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的形成。一般每天口服一次，连续服用数月，直到新甲长出。同样，使用前也要关注肝功能情况。
手术治疗情况
拔甲术： 对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。但拔甲痛苦较大，而且术后恢复需要一定时间，并且新长出来的指甲也有可能再次感染真菌。一般适用于病甲较少，且其他治疗方法效果不佳的情况。激光治疗： 利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌细胞。不过激光治疗需要多次进行，费用相对较高，而且并不是所有患者都能取得完全根治的效果，还需要结合其他护理措施。