巴氏腺囊肿消肿常用的药物主要有抗生素类药物等。一般来说，对于较小的巴氏腺囊肿且有感染迹象时，可使用抗生素来帮助消肿。
抗生素类药物
口服抗生素：
阿莫西林： 属于青霉素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，对多种细菌有抑制效果。不过，对青霉素过敏者禁止使用。头孢类抗生素： 像头孢拉定等，也是通过干扰细菌细胞壁合成来杀菌。使用前需确认无头孢类药物过敏史，有严重肾功能不全者要谨慎使用。
外用抗生素：
莫匹罗星软膏： 可局部涂抹在巴氏腺囊肿部位，抑制细菌生长。使用时要注意保持局部皮肤清洁干燥，若用药部位出现烧灼感、红肿等不适，应停药并洗净。红霉素软膏： 属于大环内酯类抗生素，对革兰阳性菌等有抗菌作用。使用时同样要保证局部皮肤清洁，对红霉素过敏者禁用。
中药熏洗类药物
金银花、蒲公英等中药煎水熏洗： 金银花有清热解毒等功效，蒲公英能消肿散结。一般将这些中药煎好后，待温度适宜时进行局部熏洗，能起到一定的消肿作用。但在熏洗时要注意温度，避免烫伤皮肤，而且如果对中药成分过敏则不能使用。
注意事项
如果巴氏腺囊肿较大或者经过药物治疗效果不佳时，可能需要进行手术治疗。在使用药物消肿过程中，要密切观察囊肿的变化情况，如果囊肿持续增大、疼痛加重或者出现发热等全身症状，应及时就医，避免延误病情。同时，要注意保持外阴清洁卫生，避免穿过紧的内裤，减少局部摩擦。