肚脐眼疼且内部隐隐疼，可能由以下原因引起：
1.肚脐眼感染：肚脐眼容易藏污纳垢，若未及时清洗或抠挖，可能导致细菌感染，引起肚脐眼疼且内部隐隐疼。可使用双氧水、生理盐水冲洗肚脐眼，并遵医嘱涂抹碘伏、莫匹罗星软膏等药物。
2.脐尿管未闭：胎儿在发育过程中，脐尿管会逐渐闭合。若脐尿管未闭，会导致肚脐眼处有分泌物，伴有臭味，还可能出现肚脐眼疼且内部隐隐疼。可通过手术治疗，如脐尿管切除术。
3.脐疝：当脐部发育缺陷或腹压增加时，可导致肠子通过脐部突出，形成脐疝，引起肚脐眼疼且内部隐隐疼。较小的脐疝可通过佩戴疝气带保守治疗，较大的脐疝则需要手术治疗。
4.腹部受凉：腹部受凉后，胃肠道平滑肌痉挛，可能导致肚脐眼疼且内部隐隐疼。可通过热敷、按摩等方式缓解，也可在医生指导下服用颠茄片、阿托品片等药物。
5.其他：胃溃疡、十二指肠溃疡、肠痉挛等疾病也可能导致肚脐眼疼且内部隐隐疼。
如果肚脐眼疼且内部隐隐疼持续时间较长或症状加重，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。