黄体酮是一种天然孕激素，在使用过程中可能存在一些危害和副作用。一般来说，常见的副作用发生率约为10%左右。
胃肠道方面的副作用
恶心呕吐： 部分人使用黄体酮后会出现胃肠道不适，表现为恶心，严重时可能会呕吐。比如有女性在注射黄体酮后，会感觉胃部有不适感，不想吃东西，甚至吃一点就吐。食欲改变： 可能会出现食欲下降的情况，原本喜欢的食物变得没有兴趣，进食量较平时减少。
神经系统的影响
头晕嗜睡： 有些使用者会感到头晕，精神状态不佳，容易犯困、嗜睡。例如有的女性在服用黄体酮胶囊后，整天昏昏欲睡，影响正常的工作和生活。头痛： 个别人可能会出现头痛的症状，疼痛程度因人而异，有的是轻微胀痛，有的则相对较明显。
生殖系统相关影响
阴道不规则出血： 在使用黄体酮调节月经等情况时，可能会出现阴道不规则出血的现象，尤其是在用药过程中没有按照规范使用或者个体对药物反应特殊时更容易发生。乳房变化： 可能会导致乳房胀痛，乳房外观上可能有一定程度的增大，触摸时敏感。
其他方面的影响
体重变化： 少数人使用黄体酮后可能会出现体重改变，有的会有轻微体重增加的情况，这是因为黄体酮可能会引起水钠潴留等情况。过敏反应： 虽然比较少见，但也有个别人会对黄体酮过敏，出现皮疹、瘙痒等过敏症状，严重的可能会有呼吸困难等过敏反应表现。