脑干出血通常是由多种因素引起的，高血压是最常见的原因之一，约70%的脑干出血患者有高血压病史。长期高血压会使脑内小动脉发生玻璃样变、纤维素样坏死，甚至形成微动脉瘤，当血压骤然升高时，微动脉瘤破裂就容易引发脑干出血。
高血压相关因素：
血压控制不佳： 如果高血压患者平时没有规律服用降压药物，或者虽然在服药，但血压波动较大，未能将血压稳定控制在合理范围（一般建议血压控制在140/90mmHg以下），就会增加脑干出血的风险。例如，一些患者在情绪激动、劳累等情况下，血压急剧升高，超过了血管的承受能力，就可能导致脑干血管破裂出血。高血压病程较长： 高血压病史超过10年的患者，发生脑干出血的几率相对更高。随着高血压病程的延长，血管受损程度会逐渐加重，血管壁弹性下降，更易出现破裂出血的情况。
血管病变因素：
脑动脉硬化： 脑动脉硬化会使血管壁增厚、变硬，血管腔狭窄，血流阻力增大。同时，动脉硬化还会破坏血管的正常结构和功能，降低血管的弹性和韧性。当脑部血流发生变化时，硬化的血管就更容易破裂出血，其中就包括脑干部位的血管。比如，脑动脉硬化患者的血管在受到血压波动等刺激时，破裂的可能性比血管正常的人要大得多。先天性脑血管畸形： 这是一种先天性的血管发育异常，在脑干部位如果存在脑血管畸形，如动静脉畸形等，血管结构异常，管壁薄弱，就比正常血管更容易发生破裂出血。这种情况在年轻人中相对较为常见，虽然发生率相对高血压引起的脑干出血要低一些，但也是导致脑干出血的一个重要原因。
其他诱发因素：
情绪激动： 当人处于暴怒、极度紧张等强烈情绪状态时，体内会分泌大量的肾上腺素等激素，导致血压急剧升高。比如，有人在和人激烈争吵后，可能会突发脑干出血。据统计，约有10% - 15%的脑干出血患者是在情绪激动时发病的。过度劳累： 长期过度劳累、睡眠不足等会使身体处于应激状态，血压波动较大，也容易诱发脑干出血。一些从事高强度体力劳动或长期熬夜工作的人，患脑干出血的风险相对较高。另外，剧烈运动也可能使血压在短时间内迅速升高，对于本身存在血管病变的人来说，就可能引发脑干出血。