毛囊炎的治疗药物需根据病情等因素选择，一般细菌感染引起的毛囊炎可选用抗生素类药物。比如轻度的细菌性毛囊炎，可外用莫匹罗星软膏等，一般用药后数天可能会有改善。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。可直接涂抹在毛囊炎患处，一天涂抹2 - 3次。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。使用时取适量药膏均匀涂抹于患处，一般每日2 - 3次。
口服抗生素类药物
头孢类抗生素： 如果毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能会考虑口服头孢类抗生素，如头孢拉定等。但使用前需要确认患者没有头孢类药物过敏史。一般成人常用剂量是一次0.25 - 0.5克，每6小时一次。青霉素类抗生素： 像阿莫西林也可用于治疗毛囊炎，不过同样需要注意患者是否对青霉素过敏。成人一般每次口服0.5克左右，每8小时一次。但要注意，有青霉素过敏史的人不能使用。
抗真菌类药物
外用抗真菌药： 如果是真菌引起的毛囊炎，比如马拉色菌性毛囊炎，可外用酮康唑乳膏等。酮康唑乳膏能抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌代谢。一般每日涂抹1 - 2次，连续使用数周。口服抗真菌药： 对于较严重的真菌性毛囊炎，可能需要口服抗真菌药物，如伊曲康唑。但伊曲康唑可能会对肝脏有一定影响，使用前需要检查肝功能，并且要在医生的严格指导下使用，一般成人剂量是每次0.2克，每日1 - 2次。