毛囊炎通常根据病情和病因选择药物，一般外用药物为主，病情严重时可能会用到口服药物。比如细菌感染引起的毛囊炎，常用的外用抗生素药膏有莫匹罗星软膏等；真菌感染引起的毛囊炎则会用酮康唑乳膏等抗真菌外用药。
外用药物治疗为主
细菌性毛囊炎：如果是细菌感染导致的毛囊炎，常用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。还有夫西地酸乳膏，对革兰阳性球菌尤其葡萄球菌和链球菌有良好的抗菌活性。真菌性毛囊炎：要是真菌引起的毛囊炎，像酮康唑乳膏就比较常用，它可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。还有联苯苄唑乳膏，能抑制真菌细胞膜的合成，对皮肤癣菌等有抗菌作用。
口服药物情况
细菌感染较重时：当毛囊炎症状比较严重，外用药物效果不佳，或者是多发性毛囊炎时，可能会口服抗生素。比如头孢类抗生素，不过要注意如果对头孢过敏就不能用。还有青霉素类抗生素，使用前也需要确认无过敏史。真菌感染顽固时：如果是真菌性毛囊炎比较顽固，外用药物效果不好，可能会口服抗真菌药物，像伊曲康唑胶囊，但伊曲康唑对肝脏有一定影响，用药前需要检查肝功能，并且孕妇、哺乳期妇女禁用。
特殊人群用药注意
儿童患者：儿童患毛囊炎时，外用药物相对更安全，比如儿童可以使用低浓度的莫匹罗星软膏。如果需要口服药物，一定要在医生严格指导下进行，因为儿童的肝肾功能发育还不完善，药物代谢与成人不同。孕妇患者：孕妇患毛囊炎时，外用药物选择要谨慎，尽量选择对胎儿影响小的药物。口服药物则需要特别慎重，一般能外用解决的尽量不用口服药，必须用口服药时要经过医生充分评估，权衡利弊后再使用。