消化不良可以选择的药物有促胃肠动力药、助消化药等。一般来说，促胃肠动力药如多潘立酮，能促进胃肠道蠕动，一般起效较快。
促胃肠动力药
多潘立酮： 可促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，适用于因胃肠动力不足引起的消化不良。莫沙必利： 也是常用的促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，改善消化不良相关症状。
助消化药
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药等中药组成，能健胃消食，用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭等。乳酶生： 是一种传统的助消化药，为活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用。
抑酸剂
铝碳酸镁： 能中和胃酸，并吸附胃蛋白酶等物质，可缓解消化不良引起的胃痛、胃灼热感（烧心）、反酸等症状，一般嚼服即可。奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，通过抑制胃壁细胞的质子泵来减少胃酸分泌，对于因胃酸过多导致的消化不良有较好的疗效，比如能改善消化不良伴随的胃痛、反酸等情况。需要注意的是，儿童、孕妇、老年人等特殊人群使用消化不良相关药物时要格外谨慎。儿童使用药物需在成人监护下，且要选择适合儿童的剂型；孕妇用药更需咨询医生，因为很多药物可能会对胎儿产生影响；老年人可能肝肾功能有所减退，用药时也需关注药物的不良反应及与其他药物的相互作用等情况。同时，若消化不良症状持续不缓解或伴有其他严重症状，如黑便、消瘦等，应及时就医，排查是否有其他器质性病变，不能仅靠药物缓解而忽视潜在的严重疾病。