消化不良可以选择的药物有促胃肠动力药、助消化药等。一般来说，促胃肠动力药如多潘立酮，能促进胃肠蠕动，通常能较快缓解消化不良症状。
促胃肠动力药
多潘立酮： 可增强胃蠕动，促进胃排空，一般适用于因胃肠蠕动功能减弱引起的消化不良，能改善腹胀、早饱等症状。不过，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 也是常用的促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道运动，对功能性消化不良有较好的疗效。老年人使用时需注意观察，如有不适及时就医。
助消化药
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药等中药组成，能促进消化，适用于脾胃虚弱所致的食积，可缓解消化不良引起的不思饮食、脘腹胀满等症状。儿童服用时需在成人监护下进行。乳酶生： 是活肠球菌的干燥制剂，能在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖并防止肠内发酵，适用于消化不良、腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等。但不宜与抗菌药物同服。
抑制胃酸分泌药
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于消化不良伴有胃酸过多、烧心等症状的患者有帮助。严重肾功能不全者及婴幼儿禁用，老年人使用时应遵医嘱调整剂量。雷尼替丁： 是H₂受体拮抗剂，能抑制基础胃酸及刺激引起的胃酸分泌，可用于缓解消化不良伴有的胃酸过多症状。孕妇及哺乳期妇女禁用，8岁以下儿童禁用。