支原体感染有的难治，不过大多数并不难，且绝大多数能够治愈。
一、可以治愈的支原体感染。支原体作为一种非细菌或病毒的病原微生物，其基因容易发生变异，进而对抗生素药物产生耐药性，从而影响治疗效果。所以在进行治疗用药前，一定要规范采集病变部位的分泌物标本，比如痰液、尿道口分泌物、阴道分泌物等，然后开展支原体培养和药敏试验检查，再依据药敏结果去选用对支原体敏感的药物来进行治疗。
二、难治的支原体感染。难治的原因主要有以下几方面。其一，自行擅自选择或使用抗菌药物治疗；其二，过早停用药物或者不规范使用药物，因为对支原体不敏感的药物杀灭力度不足，不能完全消灭支原体，或者停药过早，容易让支原体再度复活而对药物失效，所以难以治愈；其三，存在夫妻感染的情况，而对方在未诊治或未治愈前依然进行无防护措施的性生活，这样就会反复感染，从而导致演变成难治的支原体感染状况。如果确定是支原体感染，在药敏结果没出来前可先进行经验性用药，常用的药物包括阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素、强力霉素等，一旦检查结果出来后就要立即按照药敏结果来调整用药方案。
综上所述，支原体感染总体来说绝大多数是不难治的。