真菌感染可能由多种原因造成。一般来说，人体自身免疫力下降是重要因素之一，比如当人体患有糖尿病等慢性疾病时，血糖长期控制不佳，就会增加真菌感染的风险，有研究表明约30% - 50%的糖尿病患者在病程中会发生真菌感染。
自身免疫力因素
长期患病导致免疫低下：像艾滋病患者，由于免疫系统被严重破坏，其真菌感染的发生率明显高于正常人，而且感染的真菌种类往往比较复杂，治疗也相对困难。年老体弱人群：老年人随着年龄增长，身体各项机能衰退，免疫力降低，更容易受到真菌的侵袭，比如老年人皮肤褶皱处容易发生念珠菌感染。
外部环境接触因素
潮湿环境易滋生真菌：在温暖潮湿的环境中，真菌更容易生长繁殖。例如，浴室、游泳池等地方，如果通风不好、长期潮湿，就容易有真菌存在，人长时间接触就可能被感染。接触受污染物品：如果接触到被真菌污染的物品，也可能引发感染。比如使用了被真菌污染的毛巾、拖鞋等，就有可能导致皮肤真菌感染，像足癣（脚气）很多就是因为接触了被真菌污染的公共拖鞋等物品而感染的。
医疗操作相关因素
长期使用抗生素：长期大量使用广谱抗生素会破坏人体正常的菌群平衡，使得真菌过度生长从而引发感染。例如，一些患者因为病情需要长期使用抗生素治疗，在用药几周后就可能出现真菌感染，常见的有假丝酵母菌感染，表现为口腔念珠菌病（鹅口疮）等。医疗器械相关感染：在医院里，长期留置导管等医疗器械的患者，也容易发生真菌感染。比如留置导尿管的患者，尿路真菌感染的风险会增加，这是因为医疗器械为真菌提供了定植的场所，破坏了尿路的正常防御机制。