晚期羊水过多排除畸形通常需要通过多种检查手段来进行。一般来说，会首先进行超声检查，这是排查胎儿畸形的重要方法之一。
超声检查排查
详细结构筛查：超声检查可以对胎儿的各个器官进行详细的结构筛查，比如能清晰看到胎儿的头颅、面部、脊柱、心脏、腹部脏器等。通过超声可以观察胎儿是否存在脑部畸形、唇腭裂、脊柱裂、先天性心脏病等常见畸形情况。一般在妊娠20 - 24周左右是进行系统超声大排畸的较好时机，但对于晚期羊水过多的情况，也需要再次通过超声仔细检查胎儿结构。羊水情况观察：同时超声还能观察羊水的分布情况，晚期羊水过多时要注意羊水指数等指标，通过超声测量羊水指数等判断羊水过多的程度，并且结合胎儿结构来综合分析是否存在因畸形导致的羊水过多。
磁共振成像（MRI）辅助
脑部等精细检查：如果超声检查对于某些部位的观察不够清晰，比如胎儿脑部等，可能会借助MRI进一步检查。MRI对于胎儿脑部畸形等的诊断有一定优势，能够更清晰地显示脑部结构，帮助排查是否存在脑部发育异常等畸形情况。不过MRI一般是在超声检查发现可疑问题后进一步选择的检查手段。
染色体检查
羊水穿刺：对于晚期羊水过多的情况，还可能需要进行染色体检查来排除染色体异常导致的胎儿畸形。羊水穿刺是一种常见的染色体检查方法，通过抽取羊水获取胎儿细胞进行染色体核型分析等，排查胎儿是否存在21 - 三体综合征等染色体异常相关的畸形情况。一般羊水穿刺适合妊娠16 - 22周左右进行，但在晚期羊水过多时，如果怀疑有染色体异常导致的畸形，也可以考虑进行，不过相对风险可能会有所不同，需要医生综合评估。无创产前基因检测：另外，无创产前基因检测也可以作为初步的筛查手段，通过检测孕妇外周血中的胎儿游离DNA，筛查常见的染色体非整倍体异常。如果无创产前基因检测结果提示高风险，可能需要进一步进行羊水穿刺等检查来明确诊断。