新生儿肺动脉高压的危害主要包括缺氧引起心力衰竭以及体循环长期缺氧引起多器官功能衰竭。
一、缺氧引起心力衰竭：
新生儿肺动脉高压是一种极为严重的疾病。由于肺动脉压力增高，使得新生儿从胎儿循环转变为成人循环的过程出现障碍，导致心脏在心房水平或动脉导管水平出现右向左分流的情况，进而致使全身出现极为严重的低氧血症，甚至可能引发心力衰竭，对生命造成严重威胁。
二、体循环长期缺氧引起多器官功能衰竭：
肺动脉阻力升高会加大心脏负荷，而因新生儿肺动脉高压所产生的分流，会造成机体长期处于缺氧状态，体循环血量不足，从而引起体循环长期缺氧，这也可能导致多器官功能出现障碍。
总之，新生儿肺动脉高压的危害极大，属于急症和重症，必须要积极进行治疗。