新生儿肺动脉高压的危害十分严重，主要危害体现为缺氧。具体如下：
一、缺氧引发心力衰竭。新生儿持续肺动脉高压是因肺动脉压力升高，致使其由胎儿循环向成人循环转变的过程受阻，进而导致心脏在心房水平或动脉导管水平出现右向左分流的病症，最终致使全身出现极为严重的低氧血症，甚至会引发心力衰竭而危及生命。1.首先，肺动脉压力的增高是关键因素。2.然后，这种异常导致循环转变受碍。3.最终结果是严重低氧血症和心力衰竭风险。
二、体循环长期缺氧导致多器官功能衰竭。肺动脉阻力增高使得心脏负荷增大，由于新生儿肺动脉高压引发分流，造成机体长期处于缺氧状态，体循环血量不足，从而引起体循环的长期缺氧，也会致使多器官功能出现障碍。1.肺动脉阻力增高带来的后果。2.分流导致的机体长期缺氧情况。3.由此引发多器官功能障碍。
总之，新生儿肺动脉高压危害极大，是急症和重症，必须予以积极治疗。