药物流产没流干净时清宫的伤害大小不能确定，需依据清宫后的症状与检查结果来判断。
一、伤害不大。如果残留物质较少，通过清宫手术可快速将其清除。清宫术后出血不多，腹痛不严重，且复查显示残留已顺利排出，也无子宫腔感染，那就表明伤害不大。这是因为少量残留相对容易处理，手术操作较为顺利，术后身体能较快恢复，且发生不良情况的风险较低。
二、伤害比较大。若残留较多，或者残留时间较长而粘连在子宫壁上，此时清宫难度较大，清宫后易出现反复阴道出血和宫腔感染，这种情况下伤害就比较大。因为大量残留或粘连严重会使清宫手术变得复杂，可能对子宫造成较大损伤，增加出血和感染等问题的发生几率，对身体的不良影响也就更为明显。
总之，药物流产后清宫的伤害情况因人而异，要综合多方面因素来评估。