药物流产没流干净时清宫的伤害大小不能确定，需依据清宫后的症状及检查结果来评判。
一、伤害不大。如果残留组织不多，通过清宫手术能较快地将其清除。清宫术后出血少，腹痛不严重，且复查显示残留已顺利排出，也无子宫腔感染，那么就表明伤害不大。比如，患者清宫后身体各方面表现较为正常，没有出现持续大量出血、剧烈腹痛以及宫腔感染等不良情况，这种情况下清宫带来的负面影响相对较小。
二、伤害比较大。要是残留量较多，或者残留时间较长并粘连在子宫壁上，此时清宫难度增大，清宫后容易出现反复阴道出血和宫腔感染，这种情形下伤害就较大。例如，当残留情况复杂，清宫操作困难，术后出现了长时间的出血不止、严重的腹痛，甚至引发了宫腔感染等一系列问题，那就说明此次清宫对身体造成了较大的伤害。
总之，药物流产没流干净后清宫的伤害程度因人而异，要综合多方面因素来判断。