HPV6型属于低危型人乳头瘤病毒，若检测呈阳性，可通过多种方式处理。一般来说，人体自身免疫系统有一定几率清除低危型HPV，大约60% - 70%的低危型HPV感染可在1 - 2年内自然清除。
局部药物治疗
外用药物：可以使用咪喹莫特乳膏，它能刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥免疫调节和抗病毒作用，从而帮助清除HPV6型感染相关的病变组织。不过，使用时要注意避免接触正常皮肤，且用药部位可能会出现红肿、糜烂等局部反应。鬼臼毒素酊：能抑制细胞有丝分裂，使其坏死脱落，适用于治疗小的生殖器疣。但此药有一定刺激性，使用时要严格按照说明书操作，避免用于尿道口、阴道等黏膜部位。
物理治疗方法
激光治疗：利用高能量激光束烧灼疣体，使其碳化、坏死脱落。对于单发或数量较少的HPV6型感染引起的疣体效果较好，治疗后要保持创面清洁干燥，防止感染，一般1 - 2周创面可愈合，但有复发可能。冷冻治疗：通过低温使疣体组织坏死脱落，操作相对简便。治疗后局部可能出现水疱、结痂，要注意避免搔抓，让痂皮自然脱落，通常需要多次治疗才能完全清除疣体。
增强免疫力辅助清除
生活方式调整：保证充足的睡眠，每天尽量保证7 - 8小时的高质量睡眠，有助于机体免疫系统功能的维持。还要均衡饮食，多摄入富含维生素（如维生素C、维生素E等）和蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜水果、瘦肉、鱼类等，为免疫系统提供营养支持。同时，要避免熬夜、过度劳累等不良生活习惯，这些会影响免疫力。适度运动：每周进行至少150分钟的中等强度有氧运动，例如快走、慢跑等，运动能促进血液循环，增强身体的代谢能力和免疫力，但要注意运动强度和频率要适中，避免过度运动对身体造成负担。