支原体衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如泌尿生殖道感染支原体衣原体时，男性可能出现尿道刺痒、灼痛，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性；女性感染后可能出现白带增多、尿道灼热，检查可见宫颈水肿、糜烂等。而呼吸道感染支原体衣原体时，起病较缓慢，多数有咽痛、头痛、咳嗽、发热等，咳嗽多为阵发性刺激性呛咳，咳少量黏液。
泌尿生殖道感染症状表现
男性泌尿生殖道感染：除了尿道刺痒、灼痛等，部分患者还可能出现附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显等。女性泌尿生殖道感染：除了白带异常、尿道灼热外，还可能引发盆腔炎，出现下腹部疼痛、发热、阴道异常出血等症状，严重时可能影响生育。
呼吸道感染症状表现
初期症状：起病初期可能有全身不适、乏力等表现，随后逐渐出现咳嗽，一般为反复干咳，有时会持续较长时间。伴随症状：可能伴有发热，体温一般在38℃左右，也可能出现头痛、咽痛等症状，部分患者还可能出现食欲不振的情况。
其他部位感染症状
眼部感染：如果是支原体衣原体引起的眼部感染，可能出现眼睛发红、疼痛、流泪、有异物感等症状，眼部可能有较多分泌物。咽部感染：支原体衣原体感染咽部时，可能出现咽部不适、疼痛、咽干等症状，有时可观察到咽部充血等表现。