龟头炎一般根据不同病因选择相应药物。如果是细菌感染引起的龟头炎，常用莫匹罗星软膏等；若是念珠菌感染导致的，可选用克霉唑乳膏等抗真菌药物。一般来说，及时用药治疗，多数患者能在数天到几周内改善症状。
细菌感染性龟头炎用药
局部外用抗生素药膏：对于细菌感染引发的龟头炎，像莫匹罗星软膏就比较常用。它能抑制细菌的生长繁殖，帮助减轻炎症。使用时要注意保持局部清洁，先清洗龟头后再涂抹药膏。口服抗生素：如果感染比较严重，可能需要口服抗生素，比如头孢类抗生素。但使用口服抗生素前需要明确没有过敏史，而且要在医生指导下使用，因为不同的头孢类药物适用情况有差异。
念珠菌性龟头炎用药
抗真菌药膏：克霉唑乳膏是治疗念珠菌性龟头炎的常用药。它可以抑制念珠菌的生长。使用时要按照疗程使用，即使症状缓解了也不要立即停药，以免复发。口服抗真菌药物：对于反复发作或者比较严重的念珠菌性龟头炎，可能会用到口服抗真菌药物，如氟康唑。不过口服抗真菌药物需要注意对肝脏等器官的影响，用药期间要定期检查肝功能等指标。
滴虫性龟头炎用药
硝基咪唑类药物：甲硝唑是治疗滴虫性龟头炎的常用药物。可以口服甲硝唑，同时局部也可用甲硝唑溶液清洗龟头，这样内外兼治能更好地杀灭滴虫。使用甲硝唑时要注意可能会有胃肠道不适等不良反应。另外，在治疗龟头炎期间，要保持龟头部位的清洁卫生，每天用清水清洗龟头，避免性生活，防止交叉感染。如果是包皮过长导致反复出现龟头炎的情况，在炎症消退后，可能需要考虑行包皮环切术，从根本上解决问题。