生殖器官疱疹主要是由单纯疱疹病毒（HSV）引起的，其中约90%是由单纯疱疹病毒Ⅱ型（HSV-2）引起，10%由单纯疱疹病毒Ⅰ型（HSV-1）引起。
病毒传播途径
性接触传播：这是最主要的传播方式。与患有生殖器官疱疹的患者发生无保护的性行为，包括阴道性交、肛门性交、口交等，都有可能感染病毒。例如，在性活跃人群中，如果一方感染了单纯疱疹病毒，另一方被感染的概率相对较高。母婴传播：孕妇如果患有生殖器官疱疹，在分娩过程中，胎儿通过产道时可能会感染单纯疱疹病毒，从而导致新生儿患上先天性疱疹，出现皮肤、眼睛、口腔等部位的疱疹，甚至可能影响神经系统等重要器官。
自身免疫力因素
免疫力低下时易感染：当人体的免疫力下降时，比如长期患有慢性疾病（如艾滋病等）、长期使用免疫抑制剂、过度劳累、长期精神压力大等情况，身体对单纯疱疹病毒的抵御能力减弱，就更容易感染生殖器官疱疹。例如，艾滋病患者由于免疫系统严重受损，感染生殖器官疱疹的风险比正常人高很多倍。复发与免疫力波动：即使曾经感染过并康复，当免疫力再次降低时，比如感冒、发热等身体不适状况出现时，体内潜伏的单纯疱疹病毒可能会被激活，导致生殖器官疱疹复发。
其他感染相关情况
接触被污染物品间接感染：虽然单纯疱疹病毒在外界环境中的存活能力较弱，但在少数情况下，接触了被患者分泌物污染的毛巾、浴巾、马桶坐垫等物品，也有可能间接感染。不过这种情况相对较少见，一般需要长时间大量接触污染物品才有可能发生感染。