生殖器官疱疹主要是由单纯疱疹病毒（HSV）引起的，其中约90%由单纯疱疹病毒Ⅱ型（HSV-2）导致，10%由单纯疱疹病毒Ⅰ型（HSV-1）引起。
通过性接触传播
性伴侣感染： 如果与携带单纯疱疹病毒的性伴侣发生无保护的性行为，就很容易被感染。比如，一方感染了HSV，在性行为过程中，病毒会通过皮肤或黏膜的接触传播给另一方。据统计，与患有生殖器官疱疹的患者发生一次性接触，另一方被感染的概率可达到50% - 80%左右。多个性伴侣： 拥有多个性伴侣会大大增加感染生殖器官疱疹的风险。因为接触不同携带病毒的性伴侣，感染的机会就会增多。
母婴传播
宫内感染： 孕妇如果感染了单纯疱疹病毒，在孕期可能会通过胎盘将病毒传给胎儿，引起宫内感染。不过这种情况相对较少见，但一旦发生，可能会导致胎儿出现发育异常等严重问题。产道感染： 更常见的是在分娩过程中，胎儿通过产道时接触到产道内的病毒而被感染。据报道，孕妇患生殖器官疱疹时，胎儿通过产道感染的概率约为40% - 60%。
间接接触传播
共用个人物品： 比如与患者共用毛巾、浴盆、内裤等个人物品，也有可能间接感染。虽然这种传播方式的概率相对较低，但如果个人物品上沾染了含有病毒的分泌物，接触后也可能被感染。尤其是在公共洗浴场所等卫生条件较差的地方，这种间接传播的风险会有所增加。例如，在公共澡堂使用了被患者污染的毛巾，就存在感染的可能性。