慢性咳嗽通常建议首挂呼吸内科。据统计，约有70% - 80%的慢性咳嗽患者首诊科室是呼吸内科，因为呼吸内科医生在诊治呼吸道相关引起的慢性咳嗽方面经验更丰富。
呼吸内科：常见呼吸道疾病引发的慢性咳嗽
气道炎症相关： 像慢性支气管炎就可能导致慢性咳嗽，这类疾病是气管、支气管黏膜及周围组织的慢性非特异性炎症，患者会长期咳嗽，有时伴有咳痰。还有咳嗽变异性哮喘，它是以咳嗽为唯一或主要症状的特殊类型哮喘，主要表现为刺激性干咳，通常咳嗽比较剧烈，夜间及凌晨咳嗽常加重。气道异物残留： 如果有小的异物长期残留在气道内，也会引发慢性咳嗽。比如儿童可能在玩耍时误将小物件吸入气道，之后就会出现长期的咳嗽症状。
耳鼻喉科：上呼吸道临近器官问题导致的慢性咳嗽
鼻后滴漏综合征： 鼻腔分泌物倒流至鼻后和咽喉部，甚至反流入声门或气管，刺激咳嗽感受器，引起咳嗽。常见病因有鼻炎、鼻窦炎等。例如鼻窦炎患者，鼻窦内的炎性分泌物会不断流向咽部，刺激咽喉导致咳嗽，这种咳嗽通常伴有鼻塞、流涕、咽部异物感等症状。咽喉部疾病： 慢性咽炎也可能引发慢性咳嗽，患者会感觉咽部有异物感，总是想清嗓子，进而导致咳嗽。另外，喉炎如果反复发作，也可能刺激喉部引起慢性咳嗽。
急诊科：突发情况导致的慢性咳嗽
异物急性吸入： 如果是近期突然出现的慢性咳嗽，并且有明确的异物吸入史，比如进食时突然呛咳后出现长期咳嗽，就需要及时到急诊科就诊。因为异物急性吸入可能会导致气道梗阻等紧急情况，需要紧急处理。外伤相关： 胸部外伤后也可能出现慢性咳嗽，比如胸部受到撞击等外伤后，可能损伤肺部组织等，从而引发长期咳嗽，这种情况也需要急诊科医生进行评估和处理。