畸胎瘤的形成目前医学上认为主要与生殖细胞异常有关。正常情况下，生殖细胞具有分化成各种组织的潜能，但在某些因素影响下，生殖细胞出现异常分化，从而形成畸胎瘤。
生殖细胞异常分化相关因素
胚胎期因素： 在胚胎发育早期，生殖细胞迁移过程中出现异常，就可能导致畸胎瘤的形成。比如在胚胎发育的前8周内，生殖细胞的分化、迁移等过程受到一些未知因素干扰，使得部分生殖细胞没有按照正常路径发展，而是聚集形成了具有多种组织成分的畸胎瘤。遗传因素： 有一定的遗传易感性。某些遗传性疾病可能会增加患畸胎瘤的风险。例如，一些染色体异常相关的遗传病，可能会影响生殖细胞的正常发育，进而引发畸胎瘤。不过目前发现的与畸胎瘤相关的遗传因素相对不是特别明确，还需要更多研究来深入探索。
不同部位畸胎瘤的形成特点
卵巢畸胎瘤： 卵巢是女性常见的畸胎瘤发生部位。在女性胚胎发育过程中，卵巢内的生殖细胞如果出现异常分化，就可能形成卵巢畸胎瘤。其中成熟型畸胎瘤相对多见，里面可能包含皮肤、毛发、牙齿、骨骼等多种组织成分；而未成熟型畸胎瘤相对少见，但恶性程度可能更高。睾丸畸胎瘤： 男性的睾丸也可能发生畸胎瘤。在男性胚胎发育时，睾丸内的生殖细胞异常分化可导致睾丸畸胎瘤的形成。睾丸畸胎瘤同样有成熟和未成熟之分，成熟型睾丸畸胎瘤内也包含多种组织，未成熟型则恶性倾向更明显。
其他可能相关因素
环境因素： 长期暴露在一些不良环境中可能会影响生殖细胞的正常状态。比如长期接触某些化学物质，像一些工业污染物等，可能会干扰生殖细胞的分化过程，增加畸胎瘤的发生几率。不过目前关于环境因素与畸胎瘤形成的具体关联机制还在进一步研究中，需要更多证据来证实。内分泌因素： 内分泌失衡也可能与畸胎瘤形成有一定关系。例如体内某些激素水平的异常变化，可能会影响生殖细胞的分化和发育，从而为畸胎瘤的形成创造条件。但具体的内分泌调控机制在畸胎瘤形成中的作用还需更深入的研究来阐明。