病毒性脑炎有一定可能转变为自身免疫性脑炎，临床上自身免疫性脑炎约占脑炎病例的10% - 20%左右。
发病机制特点
免疫机制启动：病毒性脑炎发病时，病毒可能引发机体免疫反应，而在某些情况下，这种免疫反应可能会异常持续或发生转变，进而启动自身免疫机制攻击自身脑组织。例如，部分病毒感染后，机体的免疫细胞错误地将自身脑组织成分当作外来抗原进行攻击。抗体参与：自身免疫性脑炎往往与特定抗体相关，比如抗N - 甲基 - D - 天冬氨酸受体（NMDAR）抗体相关自身免疫性脑炎较为常见，在病毒性脑炎转变而来的自身免疫性脑炎中，可能会出现类似的抗体参与异常免疫损伤过程。
临床表现差异
病毒性脑炎初期表现：通常起病较急，有发热、头痛、恶心、呕吐等症状，还可能伴有不同程度的意识障碍，如嗜睡、昏迷等，以及癫痫发作等情况，一般神经系统症状相对比较典型地与病毒感染相关。转变为自身免疫性脑炎后的表现：除了原有病毒性脑炎的一些表现外，可能会出现更具自身免疫性脑炎特点的症状，比如精神行为异常较为突出，可表现为胡言乱语、情绪紊乱等，还可能出现运动障碍，如舞蹈样动作等，部分患者会有自主神经功能紊乱的表现，如体温调节紊乱等。
诊断方法区别
病毒性脑炎的诊断：主要依靠脑脊液检查，可见白细胞数轻度升高，以淋巴细胞为主，病毒特异性抗体检测可能呈阳性，头颅影像学检查可能发现脑实质的炎症改变等。自身免疫性脑炎的诊断：除了脑脊液常规检查外，更重要的是进行自身抗体检测，如抗NMDAR抗体等相关自身抗体的检测，若抗体阳性结合临床症状则高度提示自身免疫性脑炎，头颅影像学检查可能有相应改变但不如病毒性脑炎典型表现特异。
治疗要点不同
病毒性脑炎的治疗：主要是抗病毒治疗，根据不同的病毒选用相应的抗病毒药物，同时进行对症支持治疗，如降颅压、控制癫痫发作等。自身免疫性脑炎的治疗：除了针对可能残留的病毒感染进行处理外，更关键的是免疫治疗，常用的有糖皮质激素、免疫球蛋白等，通过调节机体免疫反应来减轻自身免疫对脑组织的损伤，例如大剂量糖皮质激素冲击治疗等，并且需要长期随访观察病情变化调整治疗方案。