治疗鼻咽炎的药物有多种类型，常见的如局部用的糖皮质激素喷剂，像布地奈德鼻喷雾剂等，能减轻鼻咽炎引起的鼻腔黏膜炎症反应，一般可在数天内缓解相关症状。
局部用药物：
鼻用糖皮质激素喷剂： 这类药物能有效减轻鼻黏膜的炎症水肿，比如布地奈德鼻喷雾剂，它通过作用于鼻黏膜的炎症细胞等，发挥抗炎作用，通常连续使用数天可看到症状改善，但需注意2岁以下儿童使用需谨慎，应在医生指导下评估风险后使用。减充血剂： 像麻黄碱滴鼻液等，能收缩鼻黏膜血管，减轻鼻塞症状，但这类药物不宜长期使用，一般连续使用不超过7天，否则可能引起药物性鼻炎等不良反应，且高血压、冠心病患者要慎用。
全身用药物：
抗生素： 如果鼻咽炎是细菌感染引起，会用到抗生素，比如青霉素类的阿莫西林等，不过使用前需确定有细菌感染证据，且对青霉素过敏者不能使用阿莫西林，用药过程中要注意观察有无过敏等不良反应。抗病毒药物： 若是病毒感染导致的鼻咽炎，可能会用到抗病毒药物，如利巴韦林等，但一般病毒性鼻咽炎多为自限性，病情较轻者可能无需特意使用抗病毒药物，只有病情较重时才考虑使用，且使用时要关注药物可能带来的副作用。
中成药：
清热解毒类中成药： 例如蓝芩口服液，具有清热解毒、利咽消肿的作用，可缓解鼻咽炎引起的咽部疼痛、咽干等症状，一般成人一次服用10 - 20毫升，一天3次，儿童需根据年龄减量使用。疏风清热类中成药： 像银翘解毒片等，能疏风清热，对鼻咽炎出现的发热、鼻塞、流涕等症状有一定缓解作用，服用时要注意忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物。