月经干净第二天同房存在怀孕的可能，也存在不怀孕的可能。关键点如下：
一、月经规律的女性，月经干净后第二天处于安全期，通常不会排卵，此时同房怀孕几率小，基本不会怀孕；
二、月经不规律的女性，可能出现排卵异常、提前排卵，精子可在体内存活2至3天，这时同房可能导致怀孕；
三、同房时应做好避孕措施，如佩戴避孕套，其不仅能预防怀孕，还能防止细菌病毒入侵，减少妇科疾病发生。
具体阐述：
一、对于月经较为规律的女性来说，月经周期和排卵时间相对稳定。月经干净后的第二天，从时间上看大概率还未到排卵期，所以一般情况下不会有卵子排出，那么在这个时间同房，自然怀孕的可能性就比较小，甚至可以说基本不会怀孕。但这也不是绝对的，只是一种相对普遍的情况。
二、然而，对于那些月经不规律的女性而言，其排卵时间可能难以准确预测。可能会因为各种因素导致排卵异常，比如提前排卵。而精子在女性体内是可以存活一定时间的，大约2到3天左右。如果正好在提前排卵的时候同房，那么就有可能让精子与卵子相遇结合，从而导致怀孕情况的出现。
三、为了避免意外怀孕以及减少相关风险，在同房的时候采取合适的避孕措施是很有必要的。其中佩戴避孕套就是一种较为常见且有效的方法。佩戴避孕套一方面可以有效阻止精子进入女性体内，从而起到预防怀孕的作用；另一方面，避孕套可以在一定程度上隔绝外界的细菌和病毒，降低细菌病毒入侵的风险，进而避免一些妇科疾病的产生。
总之，月经干净第二天同房是否会怀孕不能一概而论，要根据女性自身的月经情况来判断。同时，无论何时同房，做好避孕措施都是很重要的。