孕晚期缺钙对胎儿有诸多不良影响。据研究，孕晚期胎儿约需每日积累300-400毫克的钙来满足自身骨骼和牙齿发育等需求，若孕妇缺钙，会影响胎儿这些方面的正常发育。
骨骼发育方面的影响
胎儿骨骼发育迟缓： 钙是胎儿骨骼和牙齿形成的重要原料，孕晚期胎儿骨骼快速钙化，若母体缺钙，胎儿获取钙不足，会导致骨骼发育迟缓，可能使胎儿出生后骨骼强度相对较低，增加日后骨骼问题风险。比如，缺钙严重时，胎儿的长骨、颅骨等的钙化进程会受影响，出生后可能出现囟门闭合异常等情况。牙齿发育受影响： 钙对胎儿牙齿的发育也至关重要，孕晚期缺钙可能会影响胎儿乳牙胚的发育，使得胎儿出生后牙齿萌出时间可能推迟，牙齿质量也可能欠佳，出现牙齿排列不整齐等几率增加。
神经系统发育相关影响
神经肌肉兴奋性异常： 钙参与神经肌肉的兴奋性调节，孕晚期母体缺钙，可能通过胎盘影响胎儿，导致胎儿神经肌肉兴奋性增高，表现为胎儿在宫内躁动不安等情况。而且，胎儿出生后也可能因神经系统发育受钙缺乏影响，出现易惊、哭闹不止等症状，因为钙能维持神经细胞膜的稳定性，缺钙会打破这种稳定性。智力发育潜在风险： 虽然目前确切机制还在研究中，但有研究提示，孕晚期长期缺钙可能对胎儿的智力发育有一定潜在影响。钙参与多种酶的激活等生理过程，对胎儿大脑细胞的正常代谢等有作用，缺钙可能干扰这些过程，从而影响智力发育的某些环节。
其他方面的影响
母体钙流失影响胎儿储备： 孕晚期母体本身也需要大量钙来维持自身生理需求，若母体缺钙，会从自身骨骼等部位调动钙，这就会导致胎儿从母体获取钙的量相对减少，影响胎儿对钙的储备，使得胎儿出生后体内钙储备不足，不利于新生儿早期的生长发育。增加胎儿出生后缺钙风险： 孕晚期缺钙还可能使胎儿在宫内就处于缺钙状态，出生后若不能及时从母乳或配方奶中获取足够钙，更容易出现缺钙情况，进而影响新生儿的生长，比如影响身高增长等，因为新生儿出生后的生长发育同样依赖充足的钙供应。