男性生殖器上起小痘痘可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的情况：
1.珍珠状阴茎丘疹：这是一种常见的良性病症，通常发生在龟头边缘与冠状沟交界处，表现为珍珠状、白色、黄色或红色的小丘疹，无明显症状，可能会持续存在或逐渐增多。可能与包皮过长、局部刺激等因素有关，一般不需要治疗。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。在外生殖器及肛门周围出现赘生物，可逐渐增大、增多，表面凹凸不平，呈菜花状、乳头状。可能会伴有瘙痒、疼痛、出血等症状。可通过冷冻、激光、手术等方法治疗，同时使用抗病毒药物。
3.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。在外生殖器或肛门周围出现水疱、溃疡，伴有疼痛、瘙痒、烧灼感。可能会反复发作。可通过抗病毒药物治疗，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等。
4.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。在生殖器部位出现半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。可通过夹除、冷冻、激光等方法治疗。
5.其他：还有可能是皮脂腺异位症、扁平湿疣、阴茎珍珠疹、鲍温样丘疹病等。
如果发现男性生殖器上起小痘痘，应及时就医，明确诊断，并根据具体情况进行相应的治疗。同时，要注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免搔抓、摩擦，避免不洁性生活。如果是由病毒感染引起的，应避免与他人共用毛巾、浴巾等物品，以防传染。