男性生殖器起小痘痘可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的情况：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。初期为红色小丘疹，逐渐变为水疱，疱液清亮，周围有红晕，可伴有疼痛、瘙痒等症状。生殖器疱疹容易复发，可通过抗病毒药物、免疫调节剂等进行治疗。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，主要通过性接触传播。初期为淡红色小丘疹，逐渐增大增多，形成菜花状、鸡冠状赘生物，表面粗糙，易出血。尖锐湿疣可通过物理治疗、手术治疗、药物治疗等方法去除疣体，同时可使用免疫调节剂预防复发。
3.珍珠状阴茎丘疹：常见于青壮年男性，与包皮过长、局部刺激有关。表现为环绕阴茎冠状沟处的珍珠状半透明丘疹，无压痛，无破溃，无自觉症状。珍珠状阴茎丘疹一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方法去除疣体。
4.皮脂腺异位症：病因不明，可能与内分泌因素、局部刺激等有关。表现为粟粒大小的淡白色丘疹，无自觉症状。皮脂腺异位症一般不需要治疗，若患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方法去除疣体。
5.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。传染性软疣可通过刮除、冷冻、激光等方法去除疣体。
如果男性生殖器起小痘痘，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持生殖器清洁干燥，避免搔抓、摩擦，避免不洁性生活。