扁平疣最佳治疗方法需依据所处时期来选择。若处于病毒活跃期，像扁平疣突然增多、发红、瘙痒，可进行系统治疗，如肌肉注射甘露聚糖肽、干扰素、胸腺肽等，通常10天为一个疗程。其治疗效果甚好，多数人能消除大部分扁平疣。要是处于静止期，即多年无变化且逐渐增多，最好采用系统治疗与外用药物相结合的方式。而对于皮疹长时间无变化的情况，选择物理去除效果更佳。
一、病毒活跃期：
1.可采用的药物如甘露聚糖肽，它能激活吞噬细胞、NK细胞等，调节机体免疫功能，从而有助于对抗扁平疣病毒。
2.干扰素具有抗病毒、抑制细胞增殖等作用，对控制扁平疣病情发展有一定帮助。
3.胸腺肽能促进T淋巴细胞成熟，增强机体免疫能力，有利于扁平疣的治疗。
二、静止期：
1.系统治疗方面，可根据具体情况选择合适的免疫调节剂等药物。
2.外用药物也能发挥一定作用，可帮助改善局部症状。
三、皮疹长期无变化：
物理去除方法包括冷冻、激光等，能直接去除疣体，但可能会有一定创伤。
总之，针对扁平疣的治疗，要根据其所处不同时期来合理选择方法，以达到更好的治疗效果。