扁平疣最好的治疗方法需根据具体情况选择，一般来说，药物治疗是常见方式之一。例如，外用药物如维A酸类药物有一定效果，但具体效果因个体差异而异。
药物治疗常见类型
维A酸类药物： 像维A酸乳膏等，可促进表皮细胞更新，调节角质形成细胞的生长和分化，对扁平疣有一定的治疗作用。不过使用时要注意，可能会有局部刺激症状，如轻度的红斑、脱屑等。干扰素： 具有抗病毒和免疫调节作用。可以通过皮下注射等方式使用，能抑制病毒的复制，增强机体的免疫功能来对抗扁平疣。但注射时可能会有局部疼痛等不适。
物理治疗方法
冷冻治疗： 利用低温使疣体坏死脱落。一般需要多次治疗，间隔时间通常为2 - 3周。治疗后局部会出现水疱、结痂，要注意保持局部清洁，避免感染，痂皮应让其自行脱落，以免影响治疗效果。激光治疗： 用激光的能量直接去除疣体。治疗过程相对较快，但术后局部会有创面，需要注意护理，防止感染，同时要避免日晒，以防留下色素沉着。
自体免疫疗法
提取疣体组织： 从患者自身的扁平疣疣体中提取相关物质，然后接种到患者体内，激发机体的免疫反应来清除病毒。这种方法的原理是通过刺激自身免疫系统来对抗扁平疣病毒，但并非所有患者都适合这种疗法，需要医生评估患者的身体状况等因素。
日常注意事项
避免搔抓： 扁平疣具有传染性，搔抓可能会导致疣体接种到其他部位，使皮疹增多。所以要尽量避免用手搔抓患处。注意个人卫生： 保持皮肤清洁，不与他人共用毛巾、脸盆等个人物品，防止交叉感染。同时，要注意休息，增强自身免疫力，因为免疫力低下可能会导致扁平疣复发或加重。