乳腺囊肿的治疗需根据具体情况选择合适方式，一般较小的单纯性乳腺囊肿可先观察，部分较大或有症状的囊肿可能需要手术等干预。通常来说，对于无症状的单纯性小囊肿，定期复查即可，比如每3~6个月进行一次乳腺超声检查监测囊肿变化。
观察随访为主的情况
无症状小囊肿： 如果乳腺囊肿较小，直径在1厘米以内，且没有明显疼痛等不适症状，通常可以选择观察随访。一般建议每3~6个月进行乳腺超声检查，观察囊肿大小、形态等有无变化。因为这类小囊肿恶变的几率非常低，通过定期随访监测其情况即可。生理性囊肿： 有些乳腺囊肿是生理性的，比如在月经周期变化过程中出现的囊肿，随着月经结束，体内激素水平恢复，部分生理性囊肿可能会自行缩小甚至消失。这种情况下也可以先观察，不用急于进行特殊治疗。
手术治疗的情况
囊肿较大且有症状： 当乳腺囊肿直径超过2厘米，或者囊肿引起明显的乳房胀痛等不适症状，影响生活质量时，多考虑手术治疗。手术方式一般为囊肿穿刺抽吸术，在超声引导下用细针将囊肿内的液体抽出，术后可能需要加压包扎等处理。不过部分囊肿可能会复发，若复发且符合手术指征，可能需要再次手术。怀疑有恶变可能： 虽然乳腺囊肿恶变几率低，但如果通过检查发现囊肿形态不规则、边界不清等可疑恶变的情况，需要进行手术切除，并对切除组织进行病理检查，以明确性质，若为恶性则需进一步治疗。
药物辅助缓解症状
对症用止痛药： 如果乳腺囊肿引起明显疼痛，在排除其他严重疾病的情况下，可短期使用非甾体类抗炎药来缓解疼痛，比如布洛芬等。但这类药物只是缓解症状，不能从根本上治疗乳腺囊肿。不过需要注意，布洛芬可能会引起胃肠道不适等不良反应，有胃肠道疾病的患者要谨慎使用。调节激素药物： 对于因激素水平紊乱导致的乳腺囊肿，在医生评估后，可能会考虑使用调节激素的药物。但这类药物一般不常规使用，且有一定的适应证和禁忌证，需要在医生严格指导下应用，因为激素调节药物可能会带来一些内分泌方面的副作用。