导管内乳头状瘤的病因目前尚不十分明确，可能与以下因素有关。一般认为，内分泌失调可能是一个重要因素，比如雌激素水平异常增高，可能会刺激导管上皮增生形成乳头状瘤。另外，乳腺的导管结构异常等也可能与之相关。
内分泌因素相关
雌激素水平影响： 体内雌激素水平如果出现紊乱，长时间处于相对较高的状态，就可能刺激乳腺导管内的上皮细胞增生。有研究发现，在一些患有导管内乳头状瘤的女性中，其体内雌激素受体表达可能存在异常情况，使得乳腺导管对雌激素的敏感性增加，从而容易引发导管内乳头状瘤。孕激素平衡被打破： 孕激素通常起到调节雌激素作用，维持乳腺组织的正常生理平衡。当孕激素水平相对不足，或者孕激素与雌激素的比例失调时，也可能干扰乳腺导管的正常结构和功能，增加导管内乳头状瘤的发生风险。
导管结构异常方面
先天性导管发育异常： 部分人可能存在先天性的乳腺导管结构异常，比如导管的分支、走行等出现先天畸形情况。这种异常的导管结构使得局部导管内环境改变，为乳头状瘤的形成创造了条件。例如，有些先天性导管扩张且走行不规则的乳腺组织，更容易出现上皮细胞异常增生形成乳头状瘤。后天导管损伤后修复异常： 乳腺导管在后天如果受到一些损伤，比如外伤、炎症等因素导致导管损伤，在修复过程中可能出现异常。如果修复过程中上皮细胞过度增生，就可能形成导管内乳头状瘤。比如乳腺导管曾经有过炎症性病变，在修复阶段细胞的增殖调控出现紊乱，就可能引发乳头状瘤。
其他潜在因素
遗传易感性： 有一定的遗传倾向，如果家族中有亲属患有导管内乳头状瘤，那么个体患该病的风险可能会相对增高。虽然具体的遗传机制还不是完全清楚，但研究发现某些基因的突变或多态性可能与导管内乳头状瘤的发生相关联。比如一些与细胞生长、分化调控相关的基因，如果存在遗传上的缺陷，就可能增加患病几率。生活方式影响： 长期的不良生活方式也可能是诱因之一。比如长期精神压力过大，会影响内分泌系统的稳定，进而影响激素水平平衡；还有长期高脂肪饮食，可能会改变体内激素代谢，间接影响乳腺导管的状态，增加导管内乳头状瘤的发生可能性。不过生活方式因素相对来说是较为复杂的综合因素，需要综合多方面来考虑其与导管内乳头状瘤的关系。