孕酮低可能由多种原因引起。女性在黄体功能不全时，卵巢黄体发育不全，会导致孕酮分泌不足，这种情况较为常见。另外，内分泌失调也是重要因素，比如甲状腺功能减退等内分泌疾病，可能影响激素的正常调节，进而引发孕酮低。还有一些疾病因素，像多囊卵巢综合征患者，其内分泌紊乱，也容易出现孕酮水平偏低的情况。
黄体功能方面的原因
黄体发育不全：正常情况下，卵巢排卵后会形成黄体，黄体分泌孕酮。如果黄体发育不全，就无法产生足够的孕酮，从而导致孕酮水平降低。一般来说，这种情况在育龄女性中相对多见。黄体萎缩不全：黄体萎缩不全时，黄体持续存在的时间过长，但其功能却逐渐衰退，也会使得孕酮分泌减少，导致孕酮水平偏低。
内分泌系统相关原因
甲状腺功能减退：甲状腺分泌的激素对身体的代谢等多种功能有调节作用。当发生甲状腺功能减退时，身体的内分泌平衡被打破，会影响到孕酮的分泌，使得孕酮水平降低。患者可能还会伴有怕冷、乏力、体重增加等甲状腺功能减退的相关症状。垂体功能减退：垂体分泌的一些激素对卵巢的功能有调控作用。如果垂体功能减退，会影响到促性腺激素等的分泌，进而影响卵巢的黄体功能，导致孕酮分泌不足。
疾病因素导致
多囊卵巢综合征：这是一种常见的妇科内分泌疾病，患者体内雄激素水平升高，卵巢存在多个小卵泡，但难以发育成熟排卵。同时，其内分泌紊乱会影响孕酮的正常合成与分泌，使得孕酮水平偏低。患者通常还会有月经不调、多毛、肥胖等表现。肾上腺疾病：肾上腺分泌的一些激素也会参与到孕酮的相关代谢等过程中。如果肾上腺出现疾病，比如肾上腺皮质功能亢进等，可能会干扰孕酮的正常分泌，导致孕酮低。