早晨起来拉肚子可能由多种原因引起。比如，约有10%-15%的人可能患有肠易激综合征，其中部分人会表现为晨起腹泻。
饮食因素导致
前一天饮食不当： 如果前一天吃了过多生冷、油腻或者刺激性食物，比如大量吃了冰淇淋、油炸食品或者辣椒等，就可能刺激胃肠道，导致早晨起来拉肚子。例如吃了变质的食物，其中的细菌、毒素会影响肠道正常功能，引发腹泻。食物过敏或不耐受： 有些人对特定食物过敏或不耐受，像乳糖不耐受者，早晨喝了牛奶后，就可能出现拉肚子的情况，因为体内缺乏分解乳糖的酶，无法消化牛奶中的乳糖。
腹部受凉引发
夜间睡眠时腹部保暖不当，比如被子没盖好，腹部着凉，会使肠道蠕动加快，从而导致早晨起来拉肚子。尤其是在季节更替时，气温变化较大，如果没有及时增添衣物，腹部受凉的几率会增加。
肠道疾病所致
慢性肠炎： 患有慢性肠炎的人，肠道黏膜处于炎症状态，早晨起来时，肠道受到体内激素变化等因素影响，容易出现蠕动异常，引发腹泻。慢性肠炎可能由细菌、病毒长期感染肠道，或者自身免疫等因素导致。肠结核： 由结核分枝杆菌感染肠道引起，患者也可能出现早晨起来拉肚子的情况，还常伴有低热、盗汗、乏力等全身症状。一般通过结核菌素试验、肠镜等检查可明确诊断。
其他因素影响
精神心理因素： 长期精神紧张、焦虑、压力大等，会影响植物神经功能，进而影响肠道的消化和吸收功能，导致早晨起来拉肚子。比如一些上班族，工作压力大，可能会出现晨起腹泻的情况。内分泌疾病： 像甲状腺功能亢进症患者，由于甲状腺激素分泌过多，代谢加快，肠道蠕动也会加快，可能出现早晨起来拉肚子的现象，同时还可能伴有心慌、多汗、消瘦等症状。