怀孕两个月时喉咙痛可能是由咽炎、扁桃体炎以及流行性感冒等引起的，需根据具体病因进行相应处理，同时要注意孕妇用药原则，具体如下：
一、咽炎：孕期孕妇抵抗力相对较低，在疲劳、受凉等情况下易受病原菌侵袭而引发咽部炎症。患者常表现出咽痛、咽干、咽部灼热感以及刺激性咳嗽等症状。
1.若症状轻微，因处于孕早期，一般不建议用药，可通过多饮水、保证充足休息以及清淡饮食来缓解。
2.若症状较为严重，可适当使用头孢氨苄胶囊、氨苄西林胶囊以及阿莫西林胶囊等药物，并配合使用温生理盐水、复方氯己定含漱液等进行含漱。
二、扁桃体炎：扁桃体隐窝易储存食物残渣和细菌，孕期免疫力下降时细菌易大量繁殖引发炎症，查体可见扁桃体充血肿胀甚至有脓点，从而导致怀孕两个月时喉咙痛。
1.症状较轻者可暂不给予药物治疗，用淡盐水漱口，做好口腔清洁卫生以减少口腔内细菌感染机会。
2.若症状严重，可适当给予西地碘含片、银黄含片、碘化铵含片等含服。
三、流行性感冒：孕妇本身属于流行性感冒易感人群，在劳累、受凉等情况下易患流行性感冒。患者通常以全身症状为主，如高热、乏力、头痛等，但也有少数患者出现呼吸道症状如咽痛、咳嗽、咳痰等。
1.对于流感轻症病例，可进行一般治疗和对症治疗，如多喝水、均衡饮食、适当锻炼等。
2.若出现高热，可先采用物理降温，如冰敷额头、温水擦拭以及喝温水等。药物治疗方面，适当可给予蒲地蓝消炎口服液、连花清瘟胶囊以及蓝芩口服液等，但药物应用需咨询医生。因为处于孕早期，是胎儿生长发育关键时期，用药必须谨慎，要注意掌握用药时期、剂量及给药途径等，所有药物使用均需严格按照医嘱，不可自行用药。
总结概况提示：怀孕两个月喉咙痛的原因较多，处理方式需根据具体病因，同时要遵循孕妇用药原则，尤其是孕早期，用药要格外谨慎，必须在医生指导下进行。