鼻窦炎目前并没有绝对意义上的“特效药”，但可以根据病情选择合适药物。一般来说，常用药物有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。比如急性细菌性鼻窦炎可能会用到抗生素，常用的有阿莫西林等，疗程通常7-10天左右。
抗生素类药物
细菌性鼻窦炎常用：当鼻窦炎是细菌感染引起时，会使用抗生素。像阿莫西林克拉维酸钾，适用于多数细菌感染导致的鼻窦炎，但对青霉素过敏者禁用。头孢类抗生素：如头孢呋辛酯，也是治疗细菌性鼻窦炎常用的药物，不过对头孢菌素过敏者不能用。
鼻用糖皮质激素
减轻鼻腔炎症：鼻用糖皮质激素能减轻鼻腔炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。例如糠酸莫米松鼻喷雾剂，一般成人及12岁以上儿童可以使用，使用时要注意按照正确方法喷鼻。儿童适用情况：2-11岁儿童可以使用糠酸莫米松鼻喷雾剂，但要在医生指导下使用，且要注意使用剂量等问题。
黏液促排剂
促进黏液排出：黏液促排剂可以促进鼻窦内黏液排出，改善鼻窦通气。比如桉柠蒎肠溶软胶囊，成人一般一次0.3克，一日3-4次，不过儿童使用时剂量需要调整，要遵医嘱。服用注意事项：服用时要用温水送服，不要打开或咀嚼胶囊，以免影响药效。
减充血剂
短期缓解鼻塞：减充血剂能减轻鼻充血，缓解鼻塞症状，但不能长期使用。像麻黄碱滴鼻液，一般连续使用不宜超过3-5天，因为长期使用可能会引起药物性鼻炎等不良反应。儿童使用限制：儿童使用减充血剂要谨慎，剂量要严格按照医生要求，避免过量使用导致不良反应。