肛门乳头瘤常见的症状有肛门肿物脱出，初期较小的乳头瘤可自行缩回，随着病情发展，肿物脱出后需用手推回甚至无法回纳，大约有1/3的患者会出现这种情况。
肛门不适症状
瘙痒： 由于乳头瘤受到刺激，会分泌黏液，刺激肛门周围皮肤，引起瘙痒感，部分患者瘙痒症状较为明显，尤其在排便后，瘙痒可能会加重。疼痛： 当乳头瘤脱出嵌顿，会导致肛门局部血液循环不畅，引起疼痛，一般为刺痛或胀痛，尤其在行走、排便等活动时疼痛可能会加剧，约有20% - 30%的患者会有不同程度的疼痛表现。
排便相关症状
排便不尽感： 患者会感觉肛门内有东西没排干净，总是有坠胀感，想要再次排便，但实际上又排不出多少东西。便血： 一般出血量较少，表现为粪便表面带血或便后手纸上有少量鲜血，这是因为乳头瘤表面黏膜摩擦受损导致的，大约有10% - 15%的患者会出现便血情况。
其他伴随症状
肛门分泌物增多： 肛门乳头瘤刺激肛门腺体分泌增加，导致肛门分泌物增多，可使肛门周围潮湿不适，甚至污染内裤。肛门坠胀： 除了排便不尽感外，还可能会有肛门持续的坠胀感，让患者感觉身体很不舒服，影响日常生活和工作。