甲状腺球蛋白低可能由多种原因引起。比如甲状腺切除术后，患者甲状腺球蛋白水平会明显降低，一般甲状腺全切术后，甲状腺球蛋白水平几乎测不到。
自身免疫性甲状腺疾病影响
自身免疫攻击甲状腺细胞： 在自身免疫性甲状腺炎等疾病中，免疫系统会错误地攻击甲状腺细胞，导致甲状腺合成甲状腺球蛋白的能力下降。例如，慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病）患者，体内的自身抗体持续破坏甲状腺组织，使得甲状腺球蛋白的分泌量减少。抗体干扰检测： 某些自身抗体可能会干扰甲状腺球蛋白的检测结果，不过这属于检测相关的情况，从疾病机制上看，还是自身免疫对甲状腺细胞功能的影响导致实际合成的甲状腺球蛋白减少。
甲状腺功能减退症相关
甲状腺激素合成障碍： 甲状腺功能减退症患者，由于甲状腺本身的病变或者下丘脑 - 垂体功能异常，导致甲状腺激素合成不足，进而影响甲状腺球蛋白的合成。比如原发性甲状腺功能减退症是因为甲状腺自身病变，像甲状腺发育不良等情况，使得甲状腺球蛋白的产生量降低。促甲状腺激素分泌不足： 下丘脑或垂体病变导致促甲状腺激素（TSH）分泌减少，TSH 能促进甲状腺球蛋白的合成和甲状腺激素的释放，TSH 不足就会使甲状腺球蛋白合成受影响，常见于垂体瘤等引起 TSH 分泌异常的疾病。
碘缺乏因素
碘是合成甲状腺球蛋白原料： 碘是合成甲状腺球蛋白的重要原料之一，当人体长期处于碘缺乏状态时，甲状腺合成甲状腺球蛋白的原料不足，就会导致甲状腺球蛋白水平降低。例如在一些碘缺乏地区，居民长期摄入碘不足，甲状腺球蛋白的合成会受到明显影响，从而出现甲状腺球蛋白低的情况。补碘后可能改善： 如果是碘缺乏引起的甲状腺球蛋白低，通过合理补充碘剂，如食用加碘盐等，甲状腺合成甲状腺球蛋白的原料得到补充，甲状腺球蛋白水平可能会逐渐回升，但需要在医生指导下进行合理补碘，避免补碘过量带来其他问题。