甲状腺球蛋白偏低可能由多种原因引起。一般来说，甲状腺切除术后患者可能出现甲状腺球蛋白偏低的情况，比如部分甲状腺癌患者进行甲状腺全切术后，甲状腺球蛋白水平会明显降低。
自身免疫性甲状腺疾病影响
自身免疫攻击： 像自身免疫性甲状腺炎患者，体内的自身抗体可能会攻击甲状腺组织，影响甲状腺球蛋白的合成。例如，在慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病）发展过程中，免疫系统的异常反应会干扰甲状腺细胞合成甲状腺球蛋白，导致其水平偏低。疾病活动期表现： 在自身免疫性甲状腺疾病的活动期，这种对甲状腺组织的破坏作用更为明显，甲状腺球蛋白的分泌会受到较大影响，进而出现偏低的情况。
甲状腺激素替代治疗因素
药物剂量影响： 一些因甲状腺功能减退接受甲状腺激素替代治疗的患者，如果药物剂量不合适，也可能导致甲状腺球蛋白偏低。比如药物剂量过大，抑制了甲状腺自身的功能，使得甲状腺球蛋白的合成减少。治疗调整阶段： 在调整甲状腺激素替代治疗药物剂量的过程中，身体需要一定时间适应新的激素水平，这个过渡阶段可能会出现甲状腺球蛋白暂时偏低的情况。
先天性甲状腺球蛋白合成缺陷
遗传因素导致： 极少数情况下，是由于先天性的甲状腺球蛋白合成相关基因缺陷引起的。这种先天性的问题使得甲状腺从一开始就不能正常合成足够量的甲状腺球蛋白，从而出现偏低的状况。患儿可能从出生后就表现出甲状腺球蛋白水平异于常人的偏低，需要通过进一步的基因检测等手段来明确诊断。