口腔溃疡常用的药物有局部用药和全身用药等。一般来说，局部用药能较快缓解症状，比如使用含有糖皮质激素的凝胶，通常用药后几小时到一天左右能看到一定效果。
局部外用药
口腔溃疡散类：这类药物有一定清热解毒、消肿止痛的作用。比如锡类散，它主要成分有象牙屑、青黛等，能帮助减轻口腔溃疡的疼痛，促进创面愈合，但使用时要注意如果对其中成分过敏则不能用。含漱液类：像氯己定含漱液，可以起到杀菌消炎的作用，能减少口腔内的细菌滋生，一般一天含漱3 - 4次，每次含漱1分钟左右，但要注意长时间使用可能会导致口腔内菌群失调。
促进愈合类药物
生长因子类药物：比如重组人表皮生长因子凝胶，它能促进口腔溃疡创面的愈合，加快上皮细胞的修复。使用时要注意保持用药部位清洁，涂药后短时间内不要进食、饮水。含有维生素的药物：像维生素B2片，当人体缺乏维生素B2时可能容易引发口腔溃疡，适当补充维生素B2可能有助于预防和辅助治疗，但一般是口服，一次1 - 2片，一天3次，但不能过量服用，过量可能会有不良反应。
缓解疼痛类药物
局部麻醉剂凝胶：例如苯佐卡因凝胶，能起到暂时麻醉止痛的作用，不过不能长期频繁使用，因为长期使用可能会掩盖病情或者产生其他不良影响。比如溃疡疼痛特别剧烈时，可以短时间使用一次来缓解疼痛，但使用后要避免马上进食，防止药物被过多冲刷掉。中药类止痛药物：比如冰硼散，它有清热解毒、消肿止痛的功效，将其涂于溃疡表面能缓解疼痛，但同样要注意过敏情况，而且用药后不要立即喝水吃东西。