口腔溃疡的治疗药物需根据具体情况选择，一般来说，局部用药较为常用。比如西瓜霜喷剂，它能在一定程度上缓解口腔溃疡带来的疼痛，促进创面愈合，通常喷后几分钟就能感觉到清凉舒缓，可能1~2天内症状会有改善。
局部外用药
西瓜霜喷剂：主要成分有西瓜霜、硼砂等，具有清热解毒、消肿止痛的作用，直接喷于口腔溃疡表面，能减轻疼痛，促进溃疡愈合。使用时要注意避免喷到眼睛等敏感部位。冰硼散：由冰片、硼砂等组成，同样有清热止痛的功效，可撒于溃疡处，能缓解口腔溃疡引起的疼痛，但可能会有短暂的刺激感。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶：能促进口腔溃疡创面的愈合，它可以刺激细胞的增殖和迁移，加快受损组织的修复。使用时需清洁口腔后，将凝胶涂于溃疡面，一般一天使用2~3次。不过对该药物过敏者禁用。康复新液：可以内服也可以外用，外用时用纱布浸湿后敷于溃疡处，能改善创面微循环，加速坏死组织脱落，促进肉芽组织生长。一般一天可使用3~4次。
缓解疼痛类药物
利多卡因凝胶：属于局部麻醉药，能快速缓解口腔溃疡的疼痛，但不能长期大量使用。它通过暂时阻断神经冲动的传导来达到止痛效果，用药后几分钟内就能起效，但使用时要注意按照正确的方法和剂量，避免过量使用导致不良反应。苯佐卡因凝胶：也有止痛作用，能减轻口腔溃疡带来的疼痛不适，涂抹于溃疡表面后很快就能发挥作用，但同样不建议长期频繁使用。
补充维生素类
维生素B₂片：如果口腔溃疡是由于缺乏维生素B₂引起的，适当补充维生素B₂可能有帮助。正常饮食中一般能获取足够的维生素B₂，但如果是缺乏状态下，可在医生指导下服用，一般按规定剂量服用，不会有明显副作用，但长期过量服用可能会有不良反应。复合维生素B：其中含有多种B族维生素，对于因B族维生素缺乏导致的口腔溃疡有一定的预防和辅助治疗作用，能参与机体的新陈代谢等过程，帮助维持黏膜的健康。服用时要按照说明书或遵医嘱，注意不同人群的剂量可能有所不同。