目前并没有所谓的“特效药”能完全针对所有脑血栓患者达到绝对特效的治疗效果。但临床上常用的药物有溶栓药物、抗血小板聚集药物和神经保护类药物等。比如溶栓药物中的阿替普酶，在发病4.5小时内使用可能会有较好效果，但也有严格的适用和禁忌条件。
溶栓类药物
阿替普酶： 是一种重组组织型纤溶酶原激活剂，能激活纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓。不过它有严格的使用时间窗，一般要求在缺血性脑卒中发病3 - 4.5小时内静脉给药，而且需要排除脑出血等禁忌证才能使用。尿激酶： 也可用于溶栓治疗，通常在发病6小时内应用，通过激活体内纤溶酶原，促进纤维蛋白溶解，使血栓溶解，但同样有严格的适应证和禁忌证限制。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 是常用的抗血小板聚集药物，通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A₂的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议缺血性脑血管病患者长期小剂量服用，能降低脑梗死复发风险，但有消化道溃疡等出血倾向疾病的患者要慎用。氯吡格雷： 也是抗血小板聚集药物，作用机制与阿司匹林有所不同，它能选择性地抑制二磷酸腺苷（ADP）与血小板受体的结合，进而抑制血小板聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者可以选用，但同样要注意出血等不良反应。
神经保护类药物
依达拉奉： 是一种自由基清除剂，能抑制脂质过氧化，减轻缺血再灌注损伤，保护神经细胞。可用于改善急性脑梗死患者的神经功能缺损症状，在发病后尽早使用效果可能更好。胞磷胆碱钠： 可以改善脑代谢，促进大脑功能恢复，通过增加脑血流，改善脑循环，对脑神经有一定的保护作用，常用于脑血栓患者的辅助治疗。
其他药物
丁苯酞： 能改善缺血区脑血流量，促进侧支循环建立，改善脑缺血区的微循环和血流量，增加缺血区毛细血管密度，用于治疗轻、中度急性缺血性脑卒中，一般在发病48小时内开始用药。需要注意的是，脑血栓的药物治疗需要根据患者的具体病情、发病时间、身体状况等多方面因素综合考量，由医生制定个体化的治疗方案，并不是某一种药物对所有脑血栓患者都绝对有效，而且药物使用都有相应的规范和风险需要评估。