手足口病通常由肠道病毒引起，一般没有特效抗病毒药物，主要是对症治疗。对于发热的患儿，若体温超过38.5℃，可使用对乙酰氨基酚等退热药物来降温，一般用药后能在一定时间内缓解发热症状。
退热药物使用
对乙酰氨基酚：适用于6个月以上儿童和成人，能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用，一般服用后0.5~1小时左右开始起效，帮助降低体温。但要注意不能超剂量使用，否则可能会对肝脏等造成损害。布洛芬：适用于6个月以上儿童，抗炎、解热、镇痛作用较强，退热持续时间相对较长，一般服用后1~2小时左右见效，同样需注意按照儿童体重等正确使用剂量。
口腔护理药物
康复新液：可用于缓解手足口病患儿口腔疱疹或溃疡引起的疼痛。用医用棉球蘸取适量康复新液，涂抹在口腔患处，能促进创面愈合，减轻患儿口腔不适。开喉剑喷雾剂：具有清热解毒、消肿止痛的作用，能缓解手足口病患儿口腔内的疱疹、溃疡带来的疼痛，直接喷于口腔患处即可，但要注意2岁以下儿童慎用。
抗病毒相关药物
目前对于肠道病毒引起的手足口病，并没有特效的抗病毒药物。不过，一些干扰素喷雾或雾化可能有一定抑制病毒复制的作用，但临床应用需在医生严格指导下进行。比如α-干扰素喷雾，可通过喷雾的方式作用于呼吸道等部位，抑制病毒繁殖，但使用时要注意遵循医生规定的使用方法和剂量等。需要注意的是，手足口病大多为自限性疾病，一般1~2周可自愈。在治疗过程中，要让患儿多休息，多饮水，保持口腔清洁。如果患儿出现持续高热不退、精神差、呕吐、肢体抖动等重症表现，应立即就医，不能仅靠药物自行处理，需及时进行更专业的医疗干预。