扁桃体结石的治疗方法需根据结石大小、症状等因素来定。对于较小且无症状的扁桃体结石，可通过日常口腔清洁来改善，比如每天至少用软毛牙刷仔细刷牙2次，配合使用含漱液，像氯己定含漱液，每天含漱2 - 3次，每次含漱30秒左右，有可能使结石自行脱落。
保守治疗方式
含漱法： 使用温盐水含漱是常见的保守方法，每天含漱3 - 5次，每次含漱10 - 15毫升左右的温盐水，利用盐水的冲刷作用，有助于松动扁桃体结石，促进其排出。不过要注意，含漱时动作别太剧烈，避免刺激扁桃体引起不适。刮除术： 医生可以使用专门的器械在局部麻醉下进行扁桃体结石刮除。但操作时要小心，避免损伤扁桃体周围组织。一般适合结石较小且位置较浅的情况。
手术治疗情况
扁桃体切除术： 如果扁桃体结石反复出现，且伴有严重的扁桃体炎、扁桃体肥大等情况，经医生评估后可能会建议行扁桃体切除术。通常儿童患者如果符合手术指征，在6岁以上且身体状况允许时可考虑手术。但手术是有一定风险的，比如出血、感染等，术后需精心护理，一般术后1 - 2周能逐渐恢复。
注意事项
无症状者的注意： 如果扁桃体结石很小且没有任何不适症状，平时要坚持良好的口腔卫生习惯，像正确刷牙、使用牙线等，并且定期观察结石情况。有症状者的提醒： 当出现喉咙疼痛、异物感、口臭等明显症状时，不要自行随意处理，应及时就医，由医生判断是采取保守治疗还是手术治疗，千万不要拖延，以免影响健康。