扁桃体隐窝结石的治疗方法需根据具体情况选择，较小的结石可通过日常口腔清洁等方式处理，较大或反复出现的可能需要就医由医生操作取出。
日常自我护理缓解
保持口腔清洁： 每天至少刷牙2次，使用清水或漱口水漱口也很重要，尤其是饭后及时漱口能减少食物残渣在扁桃体隐窝处堆积，降低结石形成的几率。比如每天早晚认真刷牙，每次漱口坚持30秒左右。使用盐水漱口： 可以用温盐水漱口，一般浓度为0.9%的生理盐水比较合适，每天漱口3 - 4次，有助于松动较小的结石，还能起到一定的杀菌作用。
医生操作取出结石
钳子取出： 医生会使用专门的钳子，在局部消毒后，直接将可见的扁桃体隐窝结石夹出。这种方法适用于能看到且位置较浅的结石，操作相对简单，一般几分钟就能完成。刮匙刮除： 对于位置稍深一些的结石，医生会用刮匙将其刮除。操作时会先对扁桃体周围进行麻醉，以减轻患者的不适，整个过程大概需要10 - 15分钟。
手术治疗情况
扁桃体切除术： 如果扁桃体隐窝结石反复出现，严重影响生活，比如经常引起咽喉疼痛、异物感等，且经保守治疗无效时，可能会考虑行扁桃体切除术。不过这是最后的选择，一般只有在其他方法都效果不佳的情况下才会采用。手术需要住院，术后恢复大概需要1 - 2周，要注意饮食清淡，避免吃辛辣刺激性食物。