胎停育流产的原因较为复杂，其中染色体异常是常见因素之一，约50%~60%的早期胎停育与胚胎染色体异常有关。
一、胚胎因素
染色体异常： 除了早期的大量胚胎染色体异常外，夫妻双方染色体异常也可能传递给胚胎，导致胎停育流产。比如平衡易位的携带者，他们的胚胎很容易出现染色体不平衡的情况。基因缺陷： 一些单基因缺陷也可能引发胎停育，例如某些与胚胎发育关键通路相关的基因发生突变，会影响胚胎正常的生长发育进程。
二、母体因素
内分泌失调： 黄体功能不全是比较常见的情况，约占35%左右。黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退的女性，体内甲状腺激素水平偏低，会干扰胚胎的正常发育。全身性疾病： 孕妇患有严重的感染性疾病，如严重的肺炎、伤寒等，病原体产生的毒素可能影响胎盘血液循环，导致胚胎缺氧死亡。患有糖尿病且血糖控制不佳时，高血糖环境会影响胚胎的代谢，增加胎停育流产风险。免疫异常： 自身免疫性疾病，像系统性红斑狼疮，体内存在的自身抗体可能攻击胎盘组织，破坏胎盘的正常结构和功能。同种免疫异常也不容忽视，母体对胚胎免疫耐受不足，产生排斥反应，导致胚胎被排斥而流产。
三、父亲因素
精子染色体异常： 男性精子染色体发生异常，比如精子染色体数目异常或结构异常，当这样的精子与卵子结合形成胚胎后，胚胎发育很可能出现问题，引发胎停育流产。据统计，约10%~15%的胎停育与精子染色体异常有关。精子质量问题： 精子活力低下、畸形率高，会影响受精过程以及受精卵的质量，从而增加胎停育流产的可能性。比如精子畸形率超过一定比例（如超过96%）时，胚胎发育异常的风险明显升高。
四、环境因素
化学物质接触： 孕妇长时间接触甲醛、苯等有害化学物质，这些物质可能通过胎盘影响胚胎，干扰胚胎细胞的分裂和分化。比如在新装修的房间居住超过3个月，接触甲醛超标的环境，胎停育流产风险会增加。辐射暴露： 长期处于高辐射环境中，如经常接触X射线等，辐射会损伤胚胎的染色体，导致胚胎发育停止。例如在放射科工作且未做好防护的孕妇，胎停育流产几率比正常人群高。